Đy là một công trình khôi phục trong những Dự án nhà cổ nghệ thuật truyền thống dân gian Việt Nam (Vietnamese Traditional Folkhouses Project) do Tổ chức hợp tác quốc tế của Chính phủ Nhật Bản, gọi tắt là JICA (Japan International Cooporation Agency) và Trường Đại học Kiến trúc Nữ Chiêu Hòa (Showa Women’s University) tài trợ.
Giải thưởng Bảo tồn Di sản Văn hóa của UNESCO được xét chọn các công trình kiến trúc có tính mỹ thuật của nhà ởû, cầu đường, tượng đài, công viên, các công trình tôn giáo… có tuổi ít nhất 50 năm trở lên. Những công trình này đã bị hư hao theo thời gian hay bị tàn phá do chiến tranh cần thiết phải tu sửa và phục hồi nguyên trạng ban đầu.
Giải thưởng Bảo tồn Di sản Văn hóa UNESCO chia làm bốn loại: Award of Excellence (Giải xuất sắc), Award of Distinction (Giải hạng Ưu), Award of Merit (Giải Công trạng) và Honourable Mention (Giải Danh dự). Năm 2000, Phố cổ Hội An được chấm giải (Excellent project) – khi đó tương đương với giải (Distinction), được công nhận là Di sản Thế giới. Năm 2004, UNESCO dành cho khu vực châu Á – Thái Bình Dương 17 nơi.
Kiến trúc sư Akiyoshi Ejima thuộc tổ chức JICA đảm nhiệm riêng công trình phục chế nhà cổ Trần Ngọc Du. Ngôi nhà này thuộc loại nhà Rội, dân gian thường gọi là nhà Nọc ngựa hay “Nhà kèo ba cột”, tức là cột giữa cao lên tận đỉnh nóc. Loại nhà này có nguồn gốc từ vùng Bình Trị Thiên, kết cấu vững chắc, chịu được giông bão. Không giống như nhà Rường xuyên trính, nét đẹp của nhà Rội là sự đơn giản từ kết cấu khung nhà đến từng đường nét trang trí chạm khắc trên khung vách. Do các gian nhà không cần có bao lam trang trí, tạo không gian nhà thoáng mở, cao ráo cho nên nhà Nọc ngựa rất phổ biến ở đồng bằng Nam bộ. Loại nhà này thường có một gian, ba gian, và ba gian hai chái. Không thấy ai làm đến năm gian, bảy gian như dạng nhà Rường.
Sở dĩ ngôi nhà cổ Trần Ngọc Du được kiến trúc sư Akiyoshi Ejima chọn đưa vào dự án phục chế là vì nó đã hư hại đến 80 phần trăm. Nền lún, bọng; cột mục vì ẩm ướt; đòn tay, kèo, mái ngói âm dương hư hại do mối mọt và mưa nắng; cửa nẻo hư gãy trống hoắc, tường đỡ xiêu vẹo. Nhà nối và nhà dưới đã bị tháo dỡ từ năm 1965 do mục nát không còn dấu tích, nội thất trong nhà gần như không còn, chỉ còn lại ba bàn thờ trống trải.
Công trình theo kế hoạch thực hiện trong một năm với chi phí 800 triệu đồng VN. Tháng 11-2001, ông Akiyoshi cùng trợ lý và các nhóm thợ bắt tay vào việc phục chế. Những cây cột hư bọng có thể vá được thì đục khoét rồi dùng vật liệu cùng loại, cùng tuổi lắp vào để sau này khi chỗ vá xuống màu sẽ tiệp với màu cột cũ. Cột nào quá nát thì buộc phải thay cột mới. Phần phục hồi cột tốn rất nhiều thời gian vì nhà khi xưa dùng nhiều loại gỗ khác nhau và không cùng một độ tuổi. Ông phải cho những cộng sự đi tìm khắp nơi để tìm được thân gỗ đạt tiêu chuẩn. Phần nền được làm lại bằng lớp bê tông dày và lát lại gạch cũ đúng kiểu xưa. Phần vách được cấu ghép bằng những móc sắt, tráng xi măng và đổ bê tông trên phần đầu tường để giữ các đầu kèo. Riêng cửa trước đã bị mất, nên ông Ejima cho làm cửa khung song vách phên tre, có thể tháo lắp dựa theo khuôn mẫu của nhà xưa ở các làng quê và sau sẽ làm mới toàn bộ cửa cho phù hợp. Nhưng, do công trình kéo dài hơn dự định, ông phải về Nhật, phần còn lại, do giao cho nhóm thợ tiếp tục hoàn chỉnh. Công trình được đánh giá là đạt 90 phần trăm, nhưng khi ký giấy chứng nhận thì không ai dám ký.
Năm sau, ông Ejima trở lại và đã tỏ vẻ thất vọng phần xây cất khi ông vắng mặt. Chính bộ cửa mà ông vẽ ra để nhóm thợ thể hiện không đúng như ông muốn. Phẩm chất kém, tre chưa đủ già, mọt đã bắt đầu gặm, phần khung cửa bào gọt đơn sơ… Những phần ván mới ghép vách cửa co rút hở trước hở sau.
Nhà cổ Trần Ngọc Du chỉ là một phần nhỏ trong tinh thần bảo tồn văn hóa mà những người có trách nhiệm cần phải quan tâm đúng mức. Nhìn khắp nơi mọi miền, dù được tài trợ về tài chính, khuyến khích về tinh thần, và những chuyên viên nước ngoài sùi bọp mép giải thích cho “chủ nhà giá trị của những công trình cũ thì được chủ nhà gật đầu sốt sắng nhận tiền nhưng khi thực hiện thì làm một cách chiếu lệ, qua loa. Nhiều nơi sửa chữa tùy tiện và thậm chí tự ý thay đổi mẫu mã cho…sang. Tượng thờ trong đình chùa miếu mạo được sơn phết lòe loẹt, không ăn nhập gì với không gian cổ kính. Cổ mộ, đền thờ được phủ sơn nước bóng lộn. Tất cả sự thô thiển và kém hiểu biết về văn hóa đó đã phản ảnh được khả năng của một hệ thống chất xám đang “lãnh đạo” đất nước.