Ngày 14 tháng 10 năm 2016, trang mạng xã hội đã lan truyền văn thư của Uỷ Ban Nhân Dân Tỉnh Nghệ An, gửi Tòa Giám Mục Giáo Phận Vinh, yêu cầu tòa giám mục xem lại các hoạt động mục vụ của Linh Mục Đặng Hữu Nam, không chỉ định ông tiếp tục hoạt động trên địa bàn Tỉnh Nghệ An. Trong văn thư này, Ủy Ban Nhân Dân Tỉnh Nghệ An đưa ra 3 điều cáo buộc Linh Mục Đặng Hữu Nam.
1*. Linh Mục Đặng Hữu Nam lợi dụng các buổi lễ để rao giảng kích động giáo dân, tại các nhà thờ nơi ông đến cử hành thánh lễ.
2*.Linh Mục Đặng Hữu Nam thường xuyên tiếp đón, tiếp xúc với các thành phần, đối tượng Việt Tân, giúp một số người trú ngụ trong nhà thờ giáo xứ Phú Yên, để chống đối nhà nước.
3*. Linh Mục Đặng Hữu Nam đã tổ chức kêu gọi môt số đối tượng biểu tình, cũng như dẫn dầu giáo dân giáo xứ Phú Yên nộp đơn khiếu kiện Formosa tại Tòa Án Kỳ Anh, vào các ngày 26 và 27 tháng 09 vừa qua.
Văn bản của Ủy Ban Nhân Dân Tỉnh Nghệ An còn cho biết: Giáo dân cũng như các vị chức sắc tại thuộc Giáo Phận Vinh, không đồng thuận với những hành động của Linh Mục Đặng Hữu Nam.
Đáp lại những lời cáo buộc của chính quyền cộng sản Nghệ An, ông Báu, thành viên trong ban chấp hành giáo xứ Phú Yên cho biết: Linh Mục Đặng Hữu Nam là vị mục tử tốt lành, luôn quan tâm đến đời sống của bà con giáo dân. Ông lên án và chống lại những bất công trong xã hội, đã đồng hành với giáo dân để đòi hỏi quyền lợi cho họ, những người chịu thảm họa môi trường do Formosa gây ra, mà không được đền bù. Dân chúng không còn tin những lời bịa đặt, kích độngvà vu khống của chính quyền Nghệ An, đối với Linh Mục Đặng Hữu Nam.
Được biết cuối năm 2015, Linh Mục Đặng Hữu Nam bị khoảng 26 tên côn đồ chặn xe hành hung, khi ông chỉ còn cách Giáo Xứ Phú Yên độ chừng 2km. Sự kiện này không hề được chính quyền điều tra, để xem coi ai đã vô cớ hiếp đáp và đánh vị tu sĩ này.
